06月06 植物研究百邁客云解決方案-BMKCloud_數據庫收錄的玉米數據所涉及研究方向：
解決方案概述
針對植物基因組學研究，百邁客云可通過BMKCloud_數據庫模塊向用戶提供海量的植物高通量測序公共數據，借助公共數據，可大幅降低研究成本，提升研究層次。數據檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成，避免了傳統模式中，須在命令行界面下進行數據下載、格式轉換等一系列繁瑣操作的限制，完全適用于國內生信0基礎的用戶。
對于公共數據的下游分析，百邁客云目前已實現公共數據模塊與分析模塊的無縫對接，用戶可直接將已保存至用戶目錄的數據直接導入BMKCloud_APP分析模塊進行下游分析，該模塊同樣采用圖形化操作界面，無需用戶掌握任何編程基礎，高度集成化專業化的分析流程可保證用戶快速完成對數據的基礎分析以及必要的數據深度挖掘。
BMKCloud_數據庫目前收錄數據9PB，覆蓋約1100個屬，常見作物數據收錄情況見下圖：
BMKCloud_數據庫收錄的玉米數據所涉及研究方向：
發育調控類：產量 粒形 花發育 種子發育 葉發育 水稻鐵含量 雄性不育 基因組印記 雜種優勢……
非生物脅迫類：氨基脅迫 鉀離子脅迫 銅離子脅迫 鋁離子脅迫 磷離子脅迫 鈣離子脅迫 鹽脅迫 氮脅迫 干旱脅迫 熱脅迫……
生物脅迫/免疫互作類：水稻條葉枯病毒侵染 稻瘟病侵染 水稻紋枯病菌侵染 水稻條斑病細菌侵染 白葉枯菌脅迫……
其他：ncRNA鑒定 可變聚腺苷酸化事件鑒定 基因組組裝 標記開發 品種鑒定……
文章思路
YU C ?et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors. Proc Natl Acad Sci . 2015
1. 數據準備
1）玉米種子吸脹階段0-72h公共數據SRA數據庫項目編號： PRJNA179196
2）進入BMKCloud公共數據模塊進行檢索
3）檢索結果
4）數據保存至BMKCloud用戶目錄
2. 轉錄組數據基礎分析
1）進入BMKCloud APP界面選擇有參轉錄組分析平臺
2）導入數據
3）選擇參考基因組
4）選擇差異表達分析閾值設定實驗對照分組
5 ）任務提交
3. 基礎分析結果
1）數據質控
2）基因結構分析
3）基因轉錄水平定量
4）差異表達基因檢測
5）差異表達基因功能分析
注：文章對兩個類差異表達基因進行了功能分析，一類為在相鄰時間點差異表達基因，另一類為每個時間點與吸脹0小時（干燥種子）的差異表達基因
4.1 個性化分析–玉米吸脹階段0-192h子葉中轉錄因子鑒定
4.2 個性化分析–WGCNA共表達分析，對玉米子葉發育過程中的表達基因進行表達模式聚類
4.3 個性化分析–結合轉錄因子分析結果，鑒定WGCNA聚類得到的各個模塊中的轉錄因子
4.4 個性化分析–各WGCNA模塊中玉米轉錄因子的結合位點（TFBS）預測
1）使用BMKCloud小工具 motif_discovery 預測處于同一WGCNA模塊且注釋到同一GOterm下的基因集的motif序列
2）使用TRANSFAC、JASPAR、AthaMap等在線網站預測可與上述motif序列結合的轉錄因子
3）使用部署于BMKCloud的BLAST小工具，比對上述得到的轉錄因子序列與玉米轉錄因子序列，從而預測出各WGCNA模塊中存在的TF-TFBS
5. 凝膠遷移率實驗（EMSA）驗證生信預測得到的TF-TFBS
